Plac na kome je izgrađeno ovo zdanje kupljen je 1771. godine od Bačke županije, a vlasnik je bio tadašnji upravnik komorskih dobara Paul Krušper. Zemljište koje je kupio bilo je prvobitno namenjeno izgradnji županijske zgrade, prema preporuci carice Marije Terezije, ali zbog velikih protivljenja ondašnjih gradskih otaca, Županija nije nikla na ovom mestu.
Krušper je bio potomak čuvene plemićke porodice, poreklom iz Slovačke, a pre doseljavanja u Sombor, živeo je i radio na prostorima današnje Hrvatske. Na zemlji koju je kupio u centru Sombora, počeo je da gradi veliko porodično imanje, a gradnja ovog objekta nije tekla nimalo brzo – prema sačuvanim zapisima dovršetak zdanja Krušperove palate vezuje se za istu godinu kada je podignut spomenik Sv. Trojstva, koji je takođe podignut od Krušperovog novca, 1774. godine.
Zgrada je dugačka, elegantna i sasvim jednostavno dekorisana, sa osam polukružnih prozora u prizemlju, polukružnim vratima i osam pravougaonih prozora na spratu. Bila je ovo jedna od prvih urbanih građevina u čitavom Somboru, te je praktično obeležila početke urbanizacije jezgra grada.
Početkom XIX veka, još uvek u vlasništvu potomaka Paula Krušpera, polako je prelazila u službu administrativnih zgrada, a podaci govore da već 1837. nije bila u privatnom vlasništvu, a 1890. godine je u ovu palatu useljena gradska pošta, a potom i telefonska centrala. Pošta će na ovom mestu postojati do kraja Drugog svetskog rata.
Od 1948. godine Krušperova palata postaje zaštićeni spomenik kulture, a od 1951. u njoj je smešteno sedište Gradske državne arhive, odnosno Istorijskog arhiva. Istorijski arhiv je proširen šezdesetih godina i na susedno zdanje Pašine kule.
U celosti, palata je obnovljena 1961. godine, sem fasade, koja je renovirana u poslednjim decenijama.
Od 1991. godine, ova monumentalna kuća ima status kulturnog dobra od velikog značaja.
