Rođen je u Zagrebu 1849. godine, u uglednoj porodici. Otac mu je bio Hrvat, a majka Mađarica, a Margalić se izjašnjavao kao Mađar. Ipak, ovaj velikan bio je odani Somborac, koji je svoj profesionalni vek najvećim delom proveo upravo u Somboru. Osvedočeni prijatelj Srba, Margalić, studirao je u Beču i na Sorboni, a doktor nauka postao je u Budimpešti 1875. godine.
Jedno vreme radio je u Državnoj učiteljskoj školi u Baji, a potom i u tamošnjoj Gimnaziji. U Sombor se doseljava 1879. godine, a već 1886. postaje direktor somborske Gimnazije. Posle deset godina, biva postavljen za direktora peštanske Gimnazije, kao i za profesora hrvatskog na Univerzitetu u Pešti. Iste godine imenovan je i za nadzornika srpskih škola u južnoj Ugarskoj. Tada se vraća u Sombor, odakle mu je bilo lakše da upravlja školama. Ovde je kupio kuću, salaš, a imao je mnoštvo prijatelja, sa kojima je družbovao sve do kraja Prvog svetskog rata i još nekoliko godina nakon toga.
U svom profesionalnom veku, prikupljao je poslovice, na latinskom i mađarskom, potom je pripremio poslovice na 12 različitih jezika, a u Somboru je štampao preko 1000 strana knjige „Repetitorijum iz srpske istorije“. Prevodio je na mađarski jezik razna dela južnoslovenske književnosti, kao i radove iz istorije. Mnogo je izučavao Južne Slovene i njima je posvetio više hiljada svojih priloga. Isticao se, osim kao pisac, i u školskom radu, te je svojim angažmanom uspeo da progura ideju o zidanju zgrade za Gimnaziju.
Margalić je i jedan od osnivača Istorijskog društva unutar Bačko-bodroške županije čije je sedište bilo u Somboru, a bio je i glavni urednik Godišnjaka Istorijskog društva. Pored navedenog, imenovan je i za počasnog člana Matice srpske. Više puta je odlikovan i to od srpskog kralja, austrijskog cara, pape i jugoslovenskog kralja.
Umro je u Budimpešti 1940. godine.
Tek 2004. godine, Gradska biblioteka „Karlo Bijelicki“ Sombor objavljuje njegovu „Autobiografiju“. Iako omiljen među Somborcima svog doba, Ede Margalić još uvek nema spomen-obeležje u ovom gradu, što zasigurno nije namerno, već se o ovom srpskom prijatelju još uvek ne zna dovoljno.
